railsでid以外のint型ではないカラムをprimary keyに鳴っているテーブルを扱う時、
schema.rbのdumpが正しく作成されない。
他にも、RDB固有のスキーマ定義を行っている場合は同様の現象が発生する。

以下のように、application.rbのconfig.active_record.schema_formatをsqlにすると
schema.rbでは無くstructure.sqlというsqlファイルを出力するようになる。
sqlファイルなのでschema.rbの時のような問題は起きなくなる。

# config/application.rb

config.active_record.schema_format = :sql

structure.sqlを作成してみる。

$ rake db:structure:dump RAILS_ENV=development

無事sqlベースのテーブル定義スクリプトが作成されていれば成功。